La Universidad Nacional de Asunción es la universidad más antigua del Paraguay. Fue creada el 24 de setiembre de 1889 por decreto del entonces Presidente de la República, Gral. Patricio Escobar; siendo su primer Rector el Dr. Ramón Zubizarreta. Funcionó inicialmente con tres Facultades: Derecho y Ciencias Sociales, Medicina y Ciencias Anexas, y Matemáticas y Ramas Anexas.
Lo que más tarde daría origen a la Facultad de Ciencias Químicas funcionaba desde el 15 de marzo de 1896 como Escuela de Farmacia, anexa a la Facultad de Medicina. La creación de la Facultad de Química y Farmacia, sobre la base de la Escuela de Farmacia, se produjo el 9 de mayo de 1938, gracias a la gestión realizada por un grupo de inquietos estudiantes de la Escuela de Farmacia, durante la Presidencia del Dr. Félix Paiva, quien promulgó en esa fecha el Decreto Nº 6.560 por el que se crea la Facultad de Química y Farmacia de la Universidad Nacional de Asunción. La misma funcionó durante más de treinta años en un antiguo edificio ubicado sobre la calle Mariscal Estigarribia entre Iturbe y Yegros, en Asunción, donde también funcionaba la Facultad de Derecho y Ciencias Sociales.
Desde los primeros años de su existencia la Facultad de Ciencias Químicas tuvo una dinámica permanente en el diseño, estructuración y adecuación de sus planes de estudios a las necesidades del país y de cara a los adelantos que se iban dando en el campo de las Ciencias Químicas y Farmacéuticas, lo que produjo una sucesión permanente de planes de estudios en las tres ramas profesionales en las que incursiona la Facultad: las carreras de Farmacia, Bioquímica y Química Industrial.
En el año 1967, el Primer Seminario Universitario de Educación Química imprime nuevos rumbos en la orientación de la enseñanza de la Química en nuestro país; se adopta la organización departamental como estructura académica de la Facultad a partir del año 1968 respondiendo a decisiones y recomendaciones del Seminario.
En 1972, la Facultad se traslada al Campus Universitario de San Lorenzo, en su nuevo local que ocupa hasta la fecha, el que a su vez a través de los años fue creciendo y adecuándose a las necesidades académicas que se iban presentando.
En 1973 se realiza el Seminario de Reorientación de la Enseñanza de la Química, del cual surgen recomendaciones que desembocan en los siguientes hechos:
- La creación de la carrera de Ingeniería Química de cinco años de duración sobre la base del Doctorado en Química Industrial al cual sustituye.
- La creación de dos carreras técnicas de mando medio en el área Industrial: Tecnología de Alimentos y Análisis Industrial, ambas de tres años de duración.
- La creación del Departamento de Planificación.
En 1976 comienza la implementación de la carrera de Ingeniería Química, y en 1978 la de las carreras de Análisis Industrial y Tecnología de Alimentos, obteniéndose los primeros frutos de esta transformación curricular en 1980, con el egreso de los primeros Ingenieros Químicos, Analistas Industriales y Tecnólogos de Alimentos.
En 1976, mediante Resolución Nº 1291-01-76 del 29 de abril de 1976 del Honorable Consejo Superior Universitario, la Facultad cambió su nombre de Facultad de Química y Farmacia por el de Facultad de Ciencias Químicas.
En 1977 comienza una nueva etapa en la vida institucional de la Facultad: el funcionamiento del Departamento de Botánica a cargo de un equipo liderado por el Prof. Farm. e Ing. For. Claudio Pavetti Morín, al que se suman en los años sucesivos los Departamentos de Bioquímica Nutricional, Fitoquímica, y más tarde el de Farmacología, que luego se integran en los años ochenta en lo que hoy día es la Dirección de Investigación.
En 1983 se inicia una nueva evaluación y reestructuración de las carreras que se imparten en la Facultad, de la que participaron activamente docentes, egresados y alumnos, bajo la coordinación de la Junta Departamental y que culmina tras 18 meses de intenso trabajo. La reforma curricular resultante de esta actividad no introduce carreras nuevas, pero modifica profundamente los planes de estudios e introduce como novedad el régimen semestral de las actividades académicas además de la correlatividad de materias y los prerrequisitos académicos, que se implementan desde el curso lectivo del año 1986.
Paralelamente, desde 1981 se logra el apoyo del Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD), para poner en marcha un proyecto de formación de recursos humanos y equipa-miento de laboratorio para investigación en el campo de la Química de Productos Naturales. En 1983 se inician las gestiones con la Agencia de Cooperación Internacional del Japón para el equipamiento del Área de Investigación, que culmina en 1987 con el traslado de los laboratorios de Botánica, Fitoquímica, Bioquímica de Alimentos y Nutrición, y Farmacología, a sus nuevas instalaciones construídas con fondos del presupuesto de la Facultad. Entre 1983 y 1988 se obtiene una cooperación de las Naciones Unidas para un Proyecto en el Area Industrial, el de energías no convencionales, con el que fue equipado un laboratorio y se capacitó personal docente. En 1998 se concreta un proyecto de equipamiento del Área Industrial mediante un crédito obtenido del Gobierno Español.
Entre 1994 y 1999 se desarrollan sendos procesos de revisión curricular que conducen sucesivamente a nuevas reformas curriculares para las cinco carreras que imparte la Facultad, y que culminan con la creación de orientaciones profesionales en las carreras de Farmacia y Bioquímica, que deja el cuadro de carreras de la Facultad de la siguiente manera:
| Carrera | Duración | Título |
| Farmacia Asistencial | 11 Semestres | Químico Farmacéutico Orientación Asistencial |
| Farmacia Industrial | 11 Semestres | Químico Farmacéutico Orientación Industrial |
| Bioquímica | 11 Semestres | Bioquímico |
| Bioquímica Clínica | 11 Semestres | Bioquímico Clínico |
| Ingeniería Química | 11 Semestres | Ingeniero Químico |
| Lic. en Química Industrial | 8 Semestres | Licenciado en Química Industrial |
| Lic. en Ciencia y Tec. de Alimentos | 9 Semestres | Licenciado en Ciencia y Tecnología de Alimentos |
Uno de los grandes aportes de esta revisión curricular fue la decisión de que en adelante la obtención del Doctorado requerirá la defensa exitosa de una Tesis Doctoral.
Como un esfuerzo paralelo para adecuar el nivel de formación académica básica de los postulantes a ingresar en las carreras que ofrece la Facultad, y en apoyo al desarrollo de la reforma curricular, desde 1997 se implementa el Curso Probatorio de Ingreso, de carácter obligatorio para todos quienes aspiran ser alumnos de alguna de las carreras que ofrece la Facultad.
Entre 1996 y 2000 la Facultad se aboca a la construcción de nuevas instalaciones y la adecuación de las existentes, a fin de posibilitar el desarrollo exitoso de las reformas encaradas por la Institución, que culmina con:
- La ampliación y adecuación de un pabellón de 900 m2 para el Area de Ingeniería Química y Química Industrial, Construcción de local de 65 m2 para las dependencias administrativas el Curso Probatorio de Ingreso,
- Remodelación y habilitación de un local de 364 m2 para Sala de Estudios y lugar de trabajo de planeamiento y preparación de clases de los Jefes de Área de Trabajos Prácticos de Tiempo Completo,
- Construcción de un Aula-Laboratorio de 296 m2 para las Cátedras de Química General, Química Inorgánica y Química Orgánica,
- Construcción de un pabellón de 612 m2 en dos plantas para laboratorios y plantas pilotos del Área de Tecnología de Alimentos,
- Ampliación de laboratorios de Bioquímica de Alimentos, de Farmacología, y de Fitoquímica, y la construcción de un nuevo Bioterio;
- Recuperación del Jardín de Aclimatación de Plantas Nativas y Medicinales del Paraguay,
- Remodelación de un pabellón de 267 m2 dedicado a la Dirección Académica,
- Construcción de un Comedor Universitario de 428 m2 de superficie,
- Ampliación y equipamiento del Area de Mantenimiento,
- Ampliación y remodelación de un área destinada para el Vice-Decanato, y
- Ampliación y remodelación del sector administrativo.
Además se ha dotado de cielo raso, equipos de aire acondicionado y mobiliario didáctico renovado a todas las aulas de la Institución, aparte de la remodelación y modernización de varios de los antiguos laboratorios.
Queda en carpeta una serie de obras que completarán el programa de infraestructura que las actuales autoridades de la Facultad se han propuesto poner al servicio de la actividad académica y científica de la Institución.
Además se ha dotado de cielo raso, equipos de aire acondicionado y mobiliario didáctico renovado a todas las aulas de la Institución, aparte de la remodelación y modernización de varios de los antiguos laboratorios.
Queda en carpeta una serie de obras que completarán el programa de infraestructura que las actuales autoridades de la Facultad se han propuesto poner al servicio de la actividad académica y científica de la Institución.
- La incorporación de una dotación de jóvenes profesionales de la química como Técnicos Docentes con dedicación de 25 horas semanales,
- La promoción y apoyo para la formación de docentes jóvenes mediante un programa propio de becas financiado con recursos institucionales, y
- La dotación de equipo informático suficiente para posibilitar a las diferentes dependencias y estamentos de la Facultad acceder masivamente a correo electrónico e Internet, a más de la conexión a la Red Troncal de Fibra Optica del Sistema Informático Nacional.
Desde 1992, funciona la Dirección de Extensión Universitaria, Relaciones con la Empresa y Servicio a la Comunidad, encargada de planificar las actividades de prestación de servicios, coordinar la realización de cursos de actualización de postgrado y seminarios, mantener contacto con los diferentes gremios de egresados de la Facultad, y procurar la obtención de recursos financieros externos para solventar los diferentes programas de la Institución, mediante servicios de consultoría y analítica no rutinaria.
Desde el año 2000, se implementa el Programa de Postgrado de la Facultad, conducente a la obtención del grado de Doctor –equivalente a Ph.D.– y de Magister. Se trata de programas de doctorado en Ciencias Químicas y en Ciencias Farmacéuticas que son los primeros en ciencias naturales con competitividad internacional implementados en nuestro país. Estos programas de doctorado tendrán una trascendencia aun inestimable, que a mediano y largo plazo llegarán a revolucionar la enseñanza en las carreras profesionales que se imparten en la institución, incentivarán la investigación científica, además de formar científicos calificados que contribuirán al desarrollo de nuestro país.
La implementación de los programas de reforma tanto de pregrado como de postgrado requiere a su vez de programas de cooperación con universidades extranjeras, para lo cual la Facultad ha estado incrementando sus contactos y acuerdos con universidades de Chile, España, Italia, Brasil, Argentina y Estados Unidos de Norteamérica.
Con este panorama la Facultad de Ciencias Químicas se apresta a ingresar en el nuevo milenio, con objetivos claros y firme vocación de servicio para la consolidación de los programas nacionales conducentes al desarrollo de nuestro país, a fin de asegurar una mejor calidad de vida al hombre paraguayo.